Un arrêt de trois semaines sur un salarié de huit, et c'est tout l'atelier qui se réorganise. Je l'ai vécu en 2023 dans une boîte de neuf personnes : le carnet de commandes a tenu, mais j'ai découvert au passage que nous n'avions jamais transmis le volet 3 à la CPAM pour deux arrêts antérieurs. Deux ans en arrière. Personne ne s'en était aperçu, évidemment, jusqu'au jour où ça a coincé sur un remboursement.
Gérer un salarié en arrêt maladie dans une TPE, ce n'est pas une question de procédure RH. Il n'y a pas de service RH. C'est vous, un tableur, et une pile de formulaires Cerfa que vous remplissez pour la première fois à chaque fois. Et c'est précisément là que les erreurs coûtent cher : un maintien de salaire mal calculé, une subrogation oubliée, un délai de 48 heures dépassé.
Points clés à retenir
- Le salarié doit transmettre son arrêt de travail à l'employeur sous 48 heures, sauf cas de force majeure.
- L'employeur remplit le volet 3 et l'envoie à la CPAM sous 5 jours ; le volet 2 part chez le médecin conseil.
- Sans subrogation, c'est le salarié qui touche les indemnités journalières. Avec subrogation, vous les percevez et les déduisez du maintien de salaire.
- Un arrêt de travail ne signifie pas disparition : un contrôle médical reste possible, mais jamais un contrôle « pour vérifier » par vous-même.
- Le gérant salarié (minoritaire) est couvert comme un salarié. Le gérant majoritaire, non : il relève du régime des indépendants.
La première heure après l'annonce : ce qu'il faut faire, dans l'ordre
Quand le mail tombe — « je suis en arrêt jusqu'au 12 » — la tentation est de répondre « bon rétablissement » et de passer à autre chose. Mauvaise idée. Trois documents vont circuler, et si vous en ratez un seul, c'est vous qui trinquez.
Les trois volets, expliqués simplement
Un arrêt de travail en France, c'est un formulaire en trois exemplaires. Le salarié garde le volet 1, envoie le volet 2 au médecin conseil de la CPAM (sous 48 h aussi), et vous remet le volet 3 — ou vous l'envoie si l'arrêt est prescrit hors présence physique. C'est ce volet 3 que vous complétez avec le salaire brut des trois derniers mois, puis que vous transmettez à la CPAM.
Le délai légal pour vous : 5 jours à compter de la réception. Pas 5 jours ouvrés, pas « la semaine prochaine ». Cinq jours. Dans la pratique, la CPAM est souvent tolérante, sauf quand elle ne l'est pas — et là, c'est le salarié qui subit un retard d'indemnisation, ce qui se retourne immédiatement contre vous en termes d'ambiance.
- Vérifiez que le volet 3 est bien signé par le médecin et que la date de prescription correspond à la date de début d'arrêt.
- Notez la date de réception dans un coin du document, ça évite tout débat ultérieur.
- Ne complétez jamais le volet à la place du salarié pour la partie médicale.
- Photocopiez tout. Un scan dans un dossier « absences » suffit.
Ah, et un détail que j'ai appris à la dure : le cerfa de subrogation doit être signé par le salarié. Sans ce papier, vous ne pouvez pas percevoir les indemnités journalières à sa place. Je l'ai découvert sur un arrêt de six semaines où j'avais calculé un maintien de salaire complet alors que nous étions en subrogation non signée — j'ai dû avancer la trésorerie et attendre le remboursement de la CPAM trois mois plus tard. Sur une TPE avec 30 000 € de trésorerie, six semaines de salaire maintenu, ça fait mal.
Maintien de salaire : le calcul qui fâche
Selon votre convention collective, le salarié peut avoir droit à un maintien de salaire — souvent 90 % du brut pendant 30 jours, puis 66 % ensuite, avec un délai de carence de 7 jours. C'est la convention collective qui fixe les règles, pas le Code du travail. Si vous n'avez pas de convention, ou une convention qui ne prévoit rien, il n'y a pas de maintien obligatoire au-delà de ce que dit la loi.
Exemple chiffré sur un cas réel
Prenons un salarié à 2 400 € brut, arrêt de 15 jours ouvrés, convention avec maintien à 90 % après 7 jours de carence. Le calcul ressemble à ça :
| Élément | Montant |
|---|---|
| Salaire brut du mois | 2 400 € |
| Jours de carence (7 j calendaires) | Déduits intégralement |
| Maintien à 90 % sur 8 jours restants | ≈ 576 € |
| Indemnités journalières CPAM (si subrogation) | ≈ 280 € |
| Complément employeur net | ≈ 296 € |
Sur un seul arrêt court, ce n'est pas dramatique. Sur trois arrêts dans l'année, ça commence à peser. Et sur un arrêt long — un burn-out, une opération — le complément employeur peut atteindre plusieurs milliers d'euros sur deux mois.
Faut-il souscrire une prévoyance ?
Ma réponse, franchement : oui, dès le deuxième salarié. Une TPE sans prévoyance collective, c'est une TPE qui porte seule le risque maladie long. J'ai vu une entreprise de sept personnes se retrouver à devoir 4 200 € de complément sur un arrêt de deux mois, sans aucune couverture. La cotisation prévoyance coûte souvent entre 1 % et 2 % de la masse salariale — beaucoup moins que ce type de mauvaise surprise.
Comment contrôler un employé en arrêt maladie ?
La réponse tient en une phrase : vous ne contrôlez pas vous-même. Seul le médecin conseil de l'Assurance maladie peut procéder à une visite de contrôle, et il peut le faire à votre demande, via une saisine motivée. Ce n'est pas une dénonciation anonyme — c'est un courrier à la CPAM qui explique pourquoi vous avez un doute : arrêt qui commence la veille d'un week-end prolongé, salarié aperçu en terrasse, doute sur la régularité du document.
Oui, on peut aussi passer par un cabinet de contrôle privé. Ça existe, ça coûte entre 150 et 400 € par mission, et ça n'a aucune valeur légale face à la CPAM. C'est un outil de pression psychologique plus qu'un outil juridique — et en TPE, ce genre de pression a tendance à se retourner contre l'ambiance générale.
Ce que vous pouvez faire sans risque
- Vérifier la cohérence du volet 3 (dates, signature, médecin).
- Signaler à la CPAM un doute motivé sur la régularité du document — pas sur la légitimité de l'arrêt.
- Demander une contre-visite médicale via la CPAM (saisine du médecin conseil).
- Ne jamais exiger une photo, un justificatif d'activité ou une présence quelconque pendant l'arrêt.
L'erreur typique : convoquer le salarié « pour faire le point ». Juridiquement, c'est une visite de reprise déguisée. Si le salarié est en arrêt, sauf convocation par le médecin du travail ou par la CPAM, il n'a aucunement à venir. Et s'il vient « de lui-même », vous devez le renvoyer chez lui — sinon, c'est vous qui êtes en tort.
Quelles sont les obligations d'un salarié pendant un arrêt maladie ?
Le salarié a trois obligations principales : transmettre l'arrêt sous 48 h à l'employeur et à la CPAM (volet 2), respecter les prescriptions médicales — ce qui implique de ne pas faire d'activité incompatible avec son arrêt — et se soumettre au contrôle médical de la CPAM. Il doit aussi informer son employeur de toute prolongation, avec le même formalisme.
Attention : un salarié peut légalement avoir une activité pendant son arrêt, à condition qu'elle soit compatible. Sortir promener son chien, aller à la pharmacie, faire ses courses — aucun problème. Participer à un trail de 30 km avec un arrêt pour entorse du genou — là, c'est un abus manifeste, et c'est justement le genre de situation où la saisine de la CPAM est légitime. Si le doute est étayé, une procédure disciplinaire peut suivre, mais elle doit être solidement documentée.
Et la clause de loyauté ?
Un salarié en arrêt reste tenu à une obligation de loyauté. Travailler pour un concurrent pendant son arrêt, c'est une faute — mais c'est à vous de la démontrer, pas à lui de la nier. Et vous ne pouvez pas fouiller son compte LinkedIn pour établir la preuve ; ce serait un procédé déloyal, et le conseil de prud'hommes ne vous suivrait pas.
Quelles sont les obligations d'un employeur en matière de gestion d'un arrêt maladie ?
Elles sont plus larges qu'on le croit, et souvent mal connues dans les petites structures. Vous devez :
- Transmettre le volet 3 à la CPAM dans les 5 jours.
- Calculer et verser le maintien de salaire selon la convention collective applicable (ou l'accord de branche, ou l'accord d'entreprise).
- Déclarer l'arrêt dans la DSN du mois concerné.
- Proposer une visite de reprise à la médecine du travail si l'arrêt dépasse 30 jours (ou en cas de maladie professionnelle, ou d'arrêt pour accident du travail).
- Informer le CSE si vous en avez un — ce qui n'est pas le cas en dessous de 11 salariés, sauf mise en place volontaire.
Le vrai problème en TPE : la continuité de service
Ce que la loi ne dit pas, c'est comment tenir votre boîte pendant trois semaines. J'ai testé une chose qui a marché : un document de continuité — une simple page Word — où chaque salarié liste les trois tâches critiques de son poste, le mot de passe du logiciel concerné et le nom de la personne capable de reprendre. Ça a l'air bête. Ça m'a sauvé deux fois.
Anticipez aussi le retour : un arrêt long, c'est un retour à préparer. Un point d'une demi-heure avec le salarié, deux jours avant la reprise, pour dire ce qui a bougé, ce qui a été repris par qui, ce qui l'attend. Ne lui balancez pas 200 mails non lus dans la figure le premier jour, vous obtiendrez l'effet inverse.
Que se passe-t-il pour un gérant salarié en cas d'arrêt maladie ?
La réponse dépend d'un critère binaire : le gérant est-il majoritaire ou minoritaire ? Un gérant minoritaire (ou égalitaire) de SARL est considéré comme salarié : il cotise au régime général, il a droit aux indemnités journalières comme n'importe quel salarié, et il faut un arrêt de travail classique. Un gérant majoritaire, en revanche, n'est pas salarié : il relève du régime social des indépendants (la Sécurité sociale des indépendants, ex-RSI), et ses indemnités obéissent à des règles différentes, avec un délai de carence plus long et une indemnisation souvent plus faible.
Le cas que personne ne traite : la continuité de gestion
Et là, il y a un angle mort. Si vous êtes gérant majoritaire et que vous tombez en arrêt trois semaines, qui signe les chèques ? Qui valide les devis ? Qui fait les virements de TVA ? Rien dans la loi ne règle ça à votre place.
Deux solutions concrètes, que j'ai fini par mettre en place après un arrêt de deux semaines qui a bloqué trois virements :
- Une délégation de pouvoir écrite, signée, désignant un salarié de confiance pour signer les actes courants en votre absence — et une délégation bancaire pour les virements.
- Un accès de secours aux outils critiques (banque en ligne, comptabilité), stocké dans un coffre ou dans un gestionnaire de mots de passe partagé avec votre expert-comptable.
Ça n'a rien de glamour. Mais quand vous êtes allongé avec 39 de fièvre et que votre comptable vous demande l'accès à votre espace bancaire, vous êtes content de l'avoir anticipé.
Ce qui reste quand on a tout coché
Un arrêt de travail en TPE, ce n'est jamais un problème de procédure. C'est un test de votre organisation. Les volets, les délais, les calculs — tout ça se règle en trois heures si vous savez où vous allez. La vraie question, c'est : est-ce que votre boîte continue de tourner quand l'un de vous s'arrête ? Et si la réponse est non, le problème n'était pas l'arrêt maladie. Il était déjà là avant.
Le meilleur conseil que je puisse donner : profitez d'un arrêt court — un vrai, un bénin, celui qui vous fera râler deux jours — pour tester votre dispositif. Faites comme si vous étiez absent. Regardez ce qui coince. Vous aurez une réponse honnête sans avoir eu à la payer.
